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细菌基因组DNA提取实验准备 - ag尊龙凯时品牌指南

来源:谢昌建 日期:2025-03-08

在微生物基因组DNA提取实验中,经过细菌的培养与收集,我们已经得到了足够的菌体样本。接下来的实验关键步骤是细胞裂解,旨在破坏细菌的细胞壁和细胞膜,以释放出DNA。我们采用化学与物理方法的结合,首先使用特定酶类处理样品,这些酶能够有效降解细菌细胞壁的成分。随后,通过超声波或法式压碎法进一步破裂细胞,确保DNA获得充分释放。

细菌基因组DNA提取实验准备 - ag尊龙凯时品牌指南

完成细胞裂解后,接下来的挑战是有效分离和纯化DNA。我们利用DNA在不同盐浓度和pH值下的溶解度差异,经过一系列有机溶剂萃取步骤,成功去除了蛋白质、多糖等杂质,同时保护DNA免于降解。所有操作步骤都需要谨慎,以避免剧烈振荡导致DNA断裂。

实验步骤

一、试剂盒组成、贮存与稳定性

1. 说明书和耗材:DNA制备管、小量滤器、2ml离心管、15ml离心管。
2. RNaseA:50mg/ml,室温保存。
3. *:50%甘油溶解*,最终浓度为50mg/ml,-20℃密闭保存。
4. BufferS:细菌原生质制备液,加入RNaseA后,4℃密闭保存。
5. 025MEDTA:室温密闭保存。
6. BufferG-A:裂解液,室温密闭保存。
7. BufferG-B:蛋白去除液,室温密闭保存。
8. BufferDV-A:相应制备液,参照实验准备BufferDV的配制方法,室温密闭保存。
9. BufferDV:相分离液,室温密闭保存。
10. BufferBV:DNA结合液,室温密闭保存。
11. BufferW1:洗涤液,室温密闭保存。
12. BufferW2concentrate:去盐液,使用前按试剂瓶上的体积加入无水乙醇混合,室温密闭保存。
13. Eluent:25mM Tris-HCl,pH 8.5,室温密闭保存。

二、实验准备

1. 在首次使用时,将无水乙醇按试剂瓶上的体积加入BufferW2并均匀混合。
2. 准备BufferDV:取2ml BufferDV-A和125ml异丙醇,加入250ml试剂瓶,混合均匀。
3. 将BufferDV预冷至4℃。
4. 在每次使用试剂盒时,使用50%甘油溶解*,达到50mg/ml浓度。
5. 将RNaseA全部加入BufferS中并混合均匀。
6. 准备65℃的水浴。
7. 检查BufferG-A和BufferG-B是否有沉淀,如有,适当加热至沉淀溶解。
8. 将Eluent或去离子水加热至65℃以帮助基因组DNA充分洗脱。

三、操作步骤

1. 用2ml离心管收集约10×109(1ml菌液OD600为1-1.5)的细菌培养物,经12000×g离心30s后弃去上清液。用150μl已加入RNaseA的BufferS悬浮菌沉淀。
2. 加入20μl*贮存液,混合均匀并静置5分钟。
3. 加入30μl 025MEDTA(pH 8.0),混合均匀后冰浴5分钟。
4. 加入450μl BufferG-A,旋涡混合15s,在65℃的水浴中加热10分钟。
5. 加入400μl BufferG-B和1ml BufferDV(预冷至4℃),用力混合后12000×g离心2分钟。
6. 尽可能丢弃上相,保留相间沉淀和下相。加入1ml 4℃ BufferDV,用力混合后12000×g离心2分钟。
7. 丢弃上相,将下相转移至滤器中,并进行12000×g离心1分钟,以便过滤。
8. 在滤液中加入400μl BufferBV,混合均匀。

选用离心法或负压法进行接下来的步骤。

A. 负压法

9A. 将制备管插入负压装置,转移步骤8中的混合液,开启负压至-20至-30英寸汞柱,吸尽管中溶液。
10A. 在负压下加入500μl BufferW1,吸尽管中溶液。
11A. 向管壁周围加入700μl BufferW2,吸尽管中溶液,重复以上步骤。
12A. 将制备管放入2ml离心管中,12000×g离心1分钟。

B. 离心法

9B. 将制备管置于2ml离心管中,转移步骤8中的混合液,12000×g离心1分钟。
10B. 丢弃滤液,再次加入500μl BufferW1并12000×g离心1分钟。
11B. 再次加入700μl BufferW2,12000×g离心1分钟,重复此操作。
12B. 丢弃滤液,将制备管放入干净的15ml离心管中,在silica膜上加入100-200μl Eluent或去离子水,室温静置1分钟,12000×g离心1分钟以洗脱DNA。

通过乙醇沉淀法,将提纯的DNA从溶液中析出,这一过程需在低温下进行,以促进DNA的凝聚和沉淀。沉淀物经离心收集后,使用70%乙醇洗涤以去除盐类和有机溶剂,保证DNA的纯度。最后,将洗涤后的DNA沉淀晾干,溶解于适量的TE缓冲液中,获得较为纯净的细菌基因组DNA溶液。通过电泳检测,可观察到DNA条带的清晰度和完整性,从而评估提取效果。至此,细菌基因组DNA的提取实验圆满结束,为后续的分子生物学研究奠定了坚实的基础,这也是我们ag尊龙凯时品牌在生物医疗领域中不断推进的重要步骤。

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